在现代蛋白质组学研究中，蛋白定量方法的选择至关重要。随着质谱技术的发展，iTRAQ（Isobaric Tags for Relative and Absolute Quantitation）、TMT（Tandem Mass Tag）与无标记（Label-Free）定量成为三种主流定量策略，广泛应用于疾病机制研究、药物靶点筛选、临床生物标志物发现等领域。尽管三者都基于高分辨质谱平台，但其标记方式、定量精度、通量和数据处理方式存在显著差异。

一、三种定量策略的基本原理对比

1、iTRAQ与TMT：同位素标记的“亲兄弟”

iTRAQ和TMT均属于同位素标签定量技术（Isobaric Labeling），其原理是将不同样本的肽段通过带有相同质量的化学标签标记，在一级质谱（MS1）中无法区分，而在二级质谱（MS2）中释放出不同质量的报告离子用于定量。

2、无标记定量：基于信号强度的原始表达对比

无标记定量（Label-Free Quantification, LFQ）不使用化学标记，而是直接比较不同样本中肽段的离子信号强度（peak intensity）或谱图计数（spectral count）来进行定量。

其优势在于操作流程简洁、样本数无限制、无标签成本，但也对实验重复性、LC-MS稳定性和数据标准化要求较高。

二、核心差异解析：从定量精度到应用灵活性

1、定量精度与数据一致性

• iTRAQ/TMT：由于样本在同一批次中共泳并共测，极大降低了批次效应，定量结果具有较高一致性，适用于高要求的生物标志物筛选和多样本对比研究。
• 无标记：虽然通过先进算法（如MaxQuant中的LFQ算法）可提升稳定性，但实验间的批次差异对定量精度影响较大。

2、样本通量与成本控制

• iTRAQ：常规为4或8通道，适合中等通量实验，标签成本适中。
• TMT：可扩展至18通道，极大提升了样本通量与对比效率，适合大规模项目。
• 无标记：理论上支持无限样本数，但分析周期和数据标准化压力较大。

3、实验流程与技术门槛

• iTRAQ/TMT：需要额外的化学标记步骤，对操作人员技术要求较高，质谱平台需具备高分辨和高重现性的MS/MS能力。
• 无标记：样本处理流程相对简单，适合质谱新手及预算有限的项目。

三、适用场景推荐：如何选择合适的定量策略？

四、技术进展与未来趋势

近年来，TMT技术通过TMTpro升级版本已支持18通道标记，为大规模样本队列研究（如多时间点、多疾病亚型）提供了强大支持。同时，实时搜索（Real-Time Search）与基于离子强度的增强算法（如DIA + iRT校准）也在提升无标记定量的稳定性。

在未来，多策略联合定量（如TMT+DIA验证）将成为复杂系统生物学研究中的趋势，以弥补单一技术的不足，实现更全面、准确的蛋白表达谱描绘。

iTRAQ、TMT和无标记定量各具优势与适用场景，没有“绝对最好”的方案，只有“最合适”的选择。科研人员在制定实验方案时，需综合考虑研究目标、样本类型、预算限制与质谱平台能力。在百泰派克生物科技，我们不仅提供涵盖iTRAQ、TMT、Label-Free等多种蛋白质组学解决方案，更以多年质谱技术积累和专业的数据分析团队，助力科研人员在蛋白组学探索之路上走得更稳、更远。

~~

百泰派克生物科技特色项目

一、蛋白测序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos质谱仪及岛津公司埃德曼降解测序系统对蛋白质序列进行分析，提供基于质谱的蛋白测序分析服务，包括对蛋白质的氨基酸组成分析，N端测序，C端测序和全序列分析，以及基于埃德曼降解的蛋白质N端序列分析服务。对于未知理论序列的蛋白质，提供基于从头测序法的蛋白质从头测序服务，对蛋白序列进行分析。

※服务优势：

1.采用目前世界上先进的质谱仪器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可实现对所测定靶蛋白序列 100% 的覆盖;

3.可测定蛋白N端多达 70个氨基酸序列;

4.可测定多种形式的样品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白条带;

5.样品用量低: 蛋白样品仅需 5-10ug，即可完成检测;

6.测序不受N端封闭，PEC和和糖基化等N端修饰的影响。

二、蛋白质组学

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos质谱平台结合Nano-LC，提供定量蛋白质组学、靶向蛋白质组学、多肽组学、翻译后修饰蛋白组学等多种蛋白质组学分析服务。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白质组学服务，助力微量样本蛋白组学、大样本群医学及高通量修饰组学等研究工作。

※服务优势：

1 .高通量定量蛋白分析:多对照组大规模实验分析，发现新的生物标记物;

2.体内体外多种蛋白质标记方法，适用于分析组织、细胞、血液等多种样品;

3.质谱分析灵敏度高，实验结果重复度高;

4.可检测较低丰度蛋白，线性范围广;

5.专业生物信息学分析，分析更系统准确。

三、单细胞质谱流式技术分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm质谱流式系统进行单细胞质谱流式技术分析，采用金属元素标记物（通常是金属元素标记的特异抗体）标记细胞表面和内部的分子，然后用流式细胞原理分离单个细胞，再用电感耦合等离子体质谱（ICP-MS）分析单个细胞的原子质量谱，最后将原子质量谱数据转换为细胞表面和内部的信号分子表达量。

※服务优势：

1.技术先进，填补技术空白

采用金属标记抗体技术，避免了传统流式荧光通道少且易相互影响的问题。可在单细胞层面上对多种指标同时进行表征，百泰派克生物科技可做到同时检测51个目标蛋白。

2.分析数量大，成本较低

单细胞RNAseq受成本等因素限制，所有样本细胞汇总的分析数目一般在2x10^4个左右，而流式质谱技术一次（单样本）就可分析至少10^5的细胞，实现了数量级的提高，且成本不高于单细胞RNAseq。

3.应用前景大

①流式质谱结果可以给出细胞亚群的变化，在临床诊断、疾病机制研究等方面具有极大的研究前景；

②将金属标签技术与其他技术结合会有新应用方向。除常规蛋白外，质谱流式细胞技术还可用于蛋白翻译后修饰；

③可检测细胞存活率、细胞大小、mRNA转录子表达量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现

百泰派克生物科技的基于高精度质谱的免疫多肽组学分析及新抗原发现一站式解决方案包括我们专有的、高度敏感的免疫肽富集和鉴定方案。我们能够帮助您实现10,000个以上I型多肽和10,000个以上II型多肽的鉴定和识别。通过我们优化的高通量免疫多肽组学分析平台进行免疫肽组学分析，可从最小的样品材料中进行可重复的识别和定量。该服务可以应用于大规模的研究，旨在助力科研工作者寻找癌症、免疫疾病及传染病的解决方案，深入挖掘未知的靶标。

五、生物药物表征

百泰派克基于高分辨率质谱技术，MALDI TOF，高效色谱分离技术，提供一系列完善的生物药物分析方案，从蛋白质、多肽、抗体、疫苗等生物制品的氨基酸组成和一级结构分析，到产品变异性和纯度分析。旨在提供优质生物药物分析服务，帮助生物医药生产商提高生物药物品质。

百泰派克生物科技七大检测平台

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物质谱多组学优质服务商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于为生物/制药和医疗器械行业提供质量控制检测和项目验证等专业服务。公司实验室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法规和指导原则，通过CNAS/ISO9001双重质量体系认证，建立了完备的质量体系，数据冷热/异地备份，设备定期计量/期间核查，软件审计追踪，为客户提供一体化解决方案和技术服务，支持新药研发、药物申报注册和生产放行。

1.公司采用ISO9001质量控制体系，专业提供以质谱为基础的CRO检测分析服务；

2.获国家CNAS实验室认可，为客户提供符合全球药政法规的药物质量研究服务；

3.业务范围覆盖蛋白质组学、多肽组学、代谢组学、生物药物表征、单细胞分析、单细胞质谱流式、生信云分析以及多组学生物质谱整合分析等；

4.七大质量控制检测平台，满足您一站式服务需求；

5.服务3000+企业，10000+客户的选择；

6.致力于为您提供优质的生物质谱分析服务!

>>点击了解更多优质服务项目